Publicado em 2005, o Pró-Defesa tem sido modelo para os outros editais promovidos pela Capes. Ele possui um núcleo de gestão próprio, que realiza programação anual para o projeto. Além do acompanhamento em forma de visitas técnicas realizadas tanto por representantes da Capes, quanto do Ministério, são realizados seminários anuais para a avaliação dos trabalhos.

Nesses encontros são apresentados os resultados das pesquisas dos projetos aprovados, avaliando os pontos fortes e as dificuldades de cada empreitada científica. Ao todo, foram 11 projetos na área de defesa nacional. Eles vão desde estudos sobre o impacto da violência na saúde mental e física das Tropas de Paz brasileiras à formação de pessoal qualificado em Química Quântica Computacional. Os trabalhos serão acompanhados até 2010, ano de encerramento do projeto.

O êxito do primeiro Pró-Defesa resultou em um novo edital para o ano de 2008, cuja publicação dos resultados de aprovação sairá em breve.

Indução
O Pró-Defesa é uma das atividades de indução da Capes, linha que tem crescido nos últimos anos. A Capes atende a demandas da sociedade, apresentadas pelos ministérios, empresas estatais e outras instituições, para formar pessoal qualificado em áreas estratégicas ou carentes em recursos humanos. Outros projetos bem-sucedidos de indução foram o Pró-Engenharia e o RH-TVD, Programa de Formação de Recursos Humanos em TV Digital.